Los logros de Menéndez le llevaron a gozar de la confianza del rey Felipe II. Su última misión fue la de conformar una armada para combatir a los Países Bajos e Inglaterra

La reconquista de La Florida y la fundación de la primera ciudad de lo que hoy es Estados Unidos no fueron los únicos méritos de Pedro Menéndez. Aquello fue el inicio de más de doscientos años de presencia continuada de España en la zona. El asturiano aseguró la bahía de Tampa, en la costa oeste de La Florida, y construyó muchas plazas fortificadas en el Caribe.

Antes de eso, Menéndez de Avilés ya se había destacado como marino. Su primera gran hazaña tuvo lugar en 1539, cuando apenas contaba con veinte años de edad. En la ría de Vigo localizó un barco corsario francés que había apresado a un cortejo nupcial. Menéndez instó a dos bajeles de la armada a que acudieran a rescatarlos, pero estos se negaron porque se consideraban inferiores en fuerzas. El avilesino, entonces, con tan solo cincuenta hombres, acudió al rescate de la novia y sus sesenta acompañantes y, gracias a su estrategia, logró apresar a los franceses.

En esos primeros años fue acumulando conocimientos y mejorando sus técnicas de navegación, y forjando una personalidad que le permitió enfrentarse a innumerables peligros a lo largo de su extensa carrera. Su fama fue extendiéndose, y empezó a recibir encargos de Carlos V primero y de Felipe II después.

Menéndez de Avilés se consolidó como un corso al servicio de la Corona. Maximiliano II de Ausburgo, sobrino de Carlos V y entonces gobernador regente de España, le concedió la primera patente de corso en 1549. Le encargó, sin apoyo económico, material ni humano ninguno, perseguir a corsarios que estaban causando importantes daños a los navíos mercantes que navegaban el Cantábrico.

Un año más tarde, el propio Carlos V le concede la segunda, con la misión de combatir a los piratas que atacaban a las naves españolas en la ruta de las Indias. Fue entonces cuando comenzó a cruzar el Atlántico, siendo su primer viaje transoceánico a Cartagena de Indias y Nombre de Dios, en Panamá.

Fue apresado en Santiago de Cuba y liberado tras el pago de un rescate, y entabló relación con hombres poderosos de la zona. Redactó un memorial sobre los peligros de la piratería en ese área y un plan para contrarrestarla que se remitió a la Corte, lo que a la postre terminó siendo fundamental para que Felipe II, entonces aún Príncipe de Asturias, le nombrara capitán general de la armada de la carrera de Indias y el comienzo de una relación muy provechosa.

En 1554, el príncipe Felipe le reclamó como consejero para formar parte del escuadrón de escolta en el viaje que debía realizar a Inglaterra para celebrar su segundo matrimonio, con María Tudor. La flota la conformaban más de setenta barcos, con los principales nobles de Castilla y más de 3.000 hombres.

Al año siguiente le envía a a las Indias como capitán general de una armada de seis navíos para proteger a siete decenas de naves mercantes, y allí recoger todo el dinero y los metales preciosos para trasladarlos a la península. Las misiones fueron sucediéndose, entre ellas la de comandar la flota para traer a Felipe II, ya como rey, a España desde Amberes, salvándole de una muerte casi segura por una galerna, hasta que, en 1965, Pedro Menéndez de Avilés recibe la que a la postre le dio la fama: la reconquista de Florida. De aquella misión regresó a España en 1567. Es entonces cuando recibe de manos de Felipe II en nombramiento como gobernador de Cuba y Capital General de una Armada de guarda de aguas y costas del Caribe. A Pedro Menéndez se le entregaron además otros títulos, como el de Caballero de la Orden de Santiago y el de Comendador de la Orden de Santa Cruz de la zarza, a la par que se iba afianzando en La Florida y Cuba.

Dejará de ser gobernador de la isla en 1563. En diciembre recibió la orden de presentarse en la Corte a la mayor brevedad posible, poniendo fin a toda una etapa como Adelantado de La Florida y capitán de la armada de las Indias. En España, a donde llegó ya en 1574, le aguardaba otra importante misión: organizar una armada «con los mejores navíos que jamás se han juntado en esta mar de poniente y hasta 11.000 españoles de mar y guerra». El objetivo era socorrer al gobernador de los Países Bajos en su guerra contra los orangistas.

Felipe II quería contar con alguien de su confianza y leal para resolver dos problemas como eran la rebelión de los Países Bajos y la creciente animosidad de Inglaterra. La armada comenzó a formarse en Santander, y la intención era ponerse en marcha a mediados de junio, pero todo fue retrasándose por problemas económicos y logísticos. La partida era inminente a principios de septiembre. El día 8 se le dieron a Menéndez posesión de la armada, pero ese mismo día enfermó de tifus de forma tan violenta que llegó a recibir los Santos Sacramentos, falleciendo el día 14. Su muerte obligó a posponer una operación en la que catorce años después fracasaría la ‘Armada Invencible’.